台灣菸酒股份有限公司(TTL)時期：
民國90年，政府取消《菸酒專賣條例》，並於91年7月將公賣局改制為台灣菸酒股份有限公司(TTL)。菸農自民國85年起不必申請種菸許可，而是直接沿用85年度的許可證，這讓菸葉的種植面積只減不增。同時，政府在加入WTO之後開放洋菸進口，使得本土菸農擔心自己的生計而頻頻向台灣菸酒公司提出繼續保障種菸的請求。
                                     
                                                                                                                           (圖片來源：台灣菸酒股份有限公司)
菸酒公司時期的菸草種植：
每年，菸酒公司會和菸農組織「台灣省菸葉耕種事業改進社」等進行「限制性議價採購」，辦理菸葉議比價招標。此時期菸農數較公賣局時期銳減，種植面積也僅剩下2196.1公頃(民92-93年期)。

民營化之後的菸酒公司不再提供菸農全套的補助，只保留其中的一部分，取消除草劑、肥料等補助項目，提高了種菸成本。由於種菸面積縮小，菸農們並未更新其烤菸設備，而是沿用公賣局時期(60年代)的堆積式循環乾燥機，菸葉強力夾也保留使用。

隨著菸業的沒落，種菸的成本也跟著提高，壓低了菸葉利潤，使得許多小菸農在經過鼓勵廢耕(民82-83年期)及公賣局民營化之後紛紛放棄了菸草種植。當菸農人數減少，換工文化便難以進行，改以工資發放的方式雇請採收工；種菸失去吸引力後，農村勞動人口的外移更是雪上加霜，種種不利因素讓菸業成為了夕陽產業。                                     

                                                                                       改制後取消的事項

編號	取消/變更事項	影響
1	取消《菸酒專賣條例》	菸葉回歸一般作物，無保障收購價格及其他保障條款
2	取消肥料、農藥貸配，由菸農自行購買	增加生產成本
3	取消契作制度	只保障本年度可以種菸
4	取消乾燥室祝融補助	種植風險增加
5	取消災害補助	種植風險增加
6	取消限定每分地1300株	每分地250公斤
7	變更收購規則	只分兩種價格，不收廢菸
8	取消輔導站	菸農自立自強
9	取消許可證制度	僅保留現有耕作面積

現今彰化縣芬園鄉種植概況：
當地僅剩7戶菸葉耕作戶及約莫8甲多的秋菸菸田，與全盛時期超過120甲地成為明顯的對比。小菸農的耕地主要承租給大菸農，因此本地仍有菸農種植超過1甲地。芬園鄉的菸農老化嚴重，當地人說每3位菸農的歲數總和便超過200歲。在年輕人不斷外移的情況下，當地的菸葉種植幾乎是以老一輩的菸農為主，在歷經三代的菸葉栽種歷程及經歷菸業的興衰後，他們可能是最後一批的菸農。