1883年，馬偕博士在現址創辦了全台第一間女子學校「女學堂」，由於當時民智未開，故不甚成功。1907年，女學校按日本學制重新開校之後，學生漸多，原女學堂之建築已不敷使用，遂在1915年停課，由吳威廉牧師重建新校舍，翌年五月完工開學。
淡水女學校1916年建造淡江中學內，由吳威廉牧師設計，黃仔樹所建。
女學校是四合院中圍天井庭園的二樓建築，正面有22個精美的磚拱。二樓迴廊使用綠釉花瓶欄杆，正面山牆有濃厚的拜占庭趣味，以磚雕手法刻「淡水女子學校」之中英文落款 ，是草木扶疏且富隱閉性的校園，又採修道院式的住宿教育，非常適合當時的女子教育環境。
1916年5月峻工，更名「淡水高等女學校」。1922年又更名為「淡水女學院」，1945年後一度與淡水中學合併，成為淡水中學女子部，後再分離，更名為純德女子中學，1965年與淡江中學合併。