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淡水雖有堅強的防禦，但是卻因為清朝政府腐敗無能，造成甲午戰爭失利，而將台灣割讓給日本，西元1895年6月，日本軍艦就開進淡水了。
此刻，淡水遭遇一件不幸的事，就是港口的深度愈來愈淺，大輪船漸漸不易進來，因為淡水河上游一直沒有做水土保持的工作，導致下游泥沙淤積日益嚴重，再加上日本人來了之後，一直想辦法排斥
外國商人，大家生意就愈做愈差，一天不如一天了。不久，淡水港的地位就被基隆港所取代，因為基隆港水比較深，而且距離日本比較近，所以日本政府一直加強這個港口的建設。
到後來，雖然還有載木材和石油的輪船，以及大陸來的大帆船會開進淡水，但是景況一年不如一年，淡水的黃金時代已經一去不復返了。
不過，淡水卻在日本的建設下走向現代化，淡水到台北的鐵路、公路相繼完工，也建了台灣第一座自來水廠，第一座高爾夫球場；此外郵局、電信局、國小、公家機構、圖書館、運動場、海水浴場、民眾俱樂部都陸續成立。而馬偕博士的後代所興辦的淡水中學，在日據時代非常著名，它就是李登輝總統的母校－淡江中學。
日本政府在淡水不只注重衛生、強化治安，而且做好都市計劃，在距今六十年前完成了淡水中正路的老街建設。可惜這條著名的街道，因道路拓寬而拆除，我們再也看不到了。
到了日本時代，淡水渡過了黃金歲月，但卻因河道日漸淤淺、大型船舶出入不便，加上日人佔領台灣後，大力建設基隆港，加上台北、基隆間鐵路之便，終而取代淡水，雖日人時加疏濬，強化港埠設施，也有重新築港的計劃，但終究無法挽回其命運，地位終於還是被基隆港所取代，漸漸地變為有名無實的國際港，除了大陸的戎克船會來此互市之外，僅剩木材業和石油業利用這沒落的港口繼續生存，淡水的經濟轉以附近腹地的農漁業為主，但日本政府帶來的強勢公共建設以及行政效率，不僅讓淡水港一息尚存，也讓它成為附近鄉鎮的行政及文化中心。
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