在台南的荷蘭人一直是西班牙人的死對頭，他們在歐洲本地就水火不容，更不用說在亞洲的競爭和衝突，當然會對將北部經營得不錯的西班牙人眼紅，欲殺之而後快，經過多次衝突，在西元1642年9月，打了一個多月的仗後，終於將西班 牙人趕走，佔領台灣北部。
       荷蘭人也蓋城為基地，他們在西班牙人「聖多明哥城」原址，重新蓋了一座更堅固城堡，稱之為「安東尼堡」，因為荷蘭人大都是棕色頭髮，於是中國人稱他們為「紅毛」或「紅夷」，這座城堡就一直被稱為「紅毛城」，三百多年了，迄今它仍挺立在淡水鎮上，並成為淡水最老的古蹟。
        荷蘭人在淡水，除了繼續統治原住民之外，也號召漢人到淡水開墾和做生意，今天淡水有條由沙崙出海的小河叫做「公司田溪」，也有個地方叫「宮田」，據說都是因當時荷蘭人「東印度公司」的田地所在而得名。此外，石門鄉富基村有個叫「富貴角」的海岬，那是台灣本島的最北端，「富貴」二字就是荷蘭文「岬角」的音譯，這些地名都是荷蘭人時代留到今天
的。
        不過荷蘭人在淡水的影響並不如西班牙人，因為西元1661年他們就被鄭成功趕出台灣了，所謂『臥榻之旁豈容他人酣睡』，而鄭成功對淡水的影響更小，因為鄭成功和他的繼承人都在台南坐鎮，忙著反攻大陸的事，根本無心關懷淡水，一直到他們投降清朝為止，都只是把淡水當作充軍、放逐犯人的地方。