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由於中國東南沿海人口多、耕地少、居民謀生不易，而正好淡水和大陸距離又近，本身又是良好的港口，由淡水河航行到內陸更是方便。因此，清朝之後，中國人把淡水當作台灣的大門，由這裡登陸，向台灣移民，當然也有很多人留在淡水開墾或跟原住民做生意，因此，淡水河邊和山區
的漢人村落就愈來愈多了。
不過，當時的大城市都在新莊和艋舺(現在的萬華)一帶，淡水只是個小港口而已，甚至比不上對岸的八里發達呢！西元1792年清朝政府正式開放八里坌港，讓船隻可以往來於福州的五虎門和泉州的蚶江，淡水和八里也因此愈來愈繁榮。今天我們還能在淡水福佑宮的石雕上看到很多雕著『蚶江弟子……』的文字，都是那時候船商們酬謝媽祖而捐獻的。
1808年，水師守備由八里坌移駐淡水。，由於八里港淤積大量的泥沙，冬天時更頂著又強有冷的東北季風，教人受不了，因此便逐漸沒落，船舶都改停靠在水深又背風的淡水這邊，今天福佑宮前面的海岸就是當年的碼頭。
後來，歷經幾次海盜掠奪淡水事件，清朝政府在1808年將水師守備移到淡水，並在紅毛城前面的海邊建砲台。從此，淡水逐漸成為台灣北部最大的港口。
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