目前製造醬油的方式有三種，其概述如下：
１、傳統方式
利用黑豆或黃豆經過浸泡、炊煮之後接種菌種，讓它發酵4∼7天，形成所謂的「麴」。形成麴之後再加入適量的鹽並裝入甕中密封，讓它在自然的環境下發酵，這個過程通常需耗時半年以上，有的更需要一年以上的時間。目前台灣遵循古法釀造的醬油多採3∼4個月的釀造期。開甕之後，上層的醬油會比較乾，需要酌量添加水份並加入調味料煮出，是等級較為普通的醬油；而甕的中下層豆子發酵的相當完全，所吸取出的原汁即為「生抽壺底油」，若加焦糖熬煮則叫做「壺底醬油」。
這種方式釀造醬油歷時較久、造價高、需要的空間較大，但是其成品風味醇厚、味道絕佳。
２、化學方式
化學釀造和傳統釀造方式不同在於甕中發酵期間，傳統方式是利用微生物分解豆類中的養分，化學方式則是用鹽酸或其他酸液將豆類中的養分加以分解，再經鹼液調配酸鹼度。這種方式需要的時間就少很多，只要1∼2日即可完成醬油的製作。這種釀造方式歷時短、造價便宜，但醬油特有的迷人風味則少了很多，所以目前社會大眾對於化學醬油的接受度仍然不高。
３、改良式
介於傳統方式與化學方式之間，通常沒有一定的作法，各家採用的方式可能不太相同。有些是原料改成炸過油的大豆；有些則是部份利用化學酸分解，再加入酵母菌發酵。此方法既能縮短降造時間、也能保有部份醬油風味，是最折衷的方式，為目前醬油的主要生產方式，其產品亦為市場主流。
