一、八十八年，遭逢九二一大地震，強度七˙三級，因震央地處南投縣，指使本院正殿及廂房遭受損害，不堪使用。民國九十年，由南投縣政府發包設計搶修，設計仍為和光建築師事務所；除一般損害整修外，工程特別加強圍牆加固、加立金柱。並奉恩主公聖示：「為未雨綢繆之計，應將兩側廂房援用之土埆砌築壁面，應加舖不繡鋼，用以強化耐震度」。

　　前殿整修期間，文昌梓潼帝君等恩主，暫時移遷至大成殿供奉，以為臨時奉安。

二、 本次震災搶修工程，令人有所遺憾者，規劃單位設計草率，內容項目諸多錯誤。幸好本院及時發現糾正。因承包商疏忽，致施工品質與設計圖不符，亦經工程查驗小組糾舉，期限改善，或拆除善，或拆除重做外，本院一督促建築師嚴格監造。相關工程完成初、復驗結果，所有工程拖延完工。

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