許多業者如雙鶴、大統醬油，含有有害人體的「甲基咪唑」及「單氯丙二醇」。台師大化學系教授吳家誠表示，醬油檢出的「甲基咪唑」、「單氯丙二醇」，前者是致癌物質、後者則會造成男性不孕、具肝腎毒性。

「今周刊」調查發現，該醬油五公升裝只要一百元，約是一般醬油價格的五分之一，所以食品業者常採購，據調查光在台中包括一中、逢甲、東海等知名夜市許多攤商都是使用該醬油，就連火鍋店也是愛用者，問題醬油流竄全台，推估每月約有上萬罐問題醬油被外食族誤食。

純釀造的醬油製程花的時間長，耗時約三至六個月，但不會產生單氯丙二醇。可是業者為求快速釀造，會用酸水解植物蛋白內的三酸甘油脂，過程就會產生單氯丙二醇。4－甲基咪唑是焦糖色素製程中所產生之衍生物，也是食品加熱過程中，因「梅納反應」自然產生之物質。

合成醬油嘗起來帶有苦味、藥味，可與大豆釀製區別，不過一旦加到其他食材調味，消費者根本無從察覺。如果民眾選購家用醬油，應以純釀造為主，且認明ＣＮＳ標章和釀造公會的認證。

2013年和2014年台灣的食品風暴讓消費者開始重視醬油的品牌和品質。