歷史由來
清乾隆五十七年（西元1792年），釋應祥禪師奉請福建泉州開元寺的觀音佛祖（今俗稱正二媽）隨當時清兵渡海來台，路經番社（今台南市東山區）稍作休息，便向東走至火山腳下一間大廟（舊巖大仙寺）駐蹕數年。後來他因故離開舊巖，自行前往枕頭山一風水寶地「半壁吊燈火」，披荊斬棘，草茅建廟，創立了新巖（今碧雲寺前身）。
道光十二年（西元1832年）張丙起事，地方動盪不安，碧雲寺也遭兵焚毀，於是釋應祥禪師奉觀音佛祖指示，將自福建迎請至台的觀音佛祖金身迎請至東山，並建草茅安奉，隨後便自行回碧雲寺繼續修行之路。
道光二十四年（西元1844年）番社庄民不忍觀音佛祖無處安祀，便合議迎請聖像下山至哆囉嘓西堡「番社街」（今廟址）上，由嘉義縣營參府洪志高發起募款建寺，寺成稱「碧軒寺」，並敬獻「碧雲傳香」匾額（現懸掛於正殿上方），其寓意是傳承「火山碧雲寺」之香火。嗣後有現東山鄉十六村白河鎮四里，協同祭祀並修建。
同治十年、日明治三十九年（西元1871年、1906年）連續發生兩場大地震，碧軒寺廟體都遭到震毀，分別至光緒元年、明治四十二年（西元1875年、1909年）才分別由庄人吳以文以及鄭汝禎發起集資重建與修復。昭和十三年（西元1938年），碧軒寺遭日軍拆毀，到了民國三十九年由陳按察、蘇牛人主導修建。民國五十三年發生嘉南大震災，碧軒寺全廟倒塌，只剩「正二媽」今身安然無恙，附近居民便搭建臨時便房安奉，隔年再由時任東山鄉長吳啟東募款重建，於民國六十二年啟用。民國九十八年廟埕全部翻新，即今所見。
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