歷史由來
碧雲寺第一代開山祖師為釋應祥禪師，他在清乾隆五十七年（西元1792年）由福建省泉州府開元寺奉請一尊觀音佛祖聖像渡海來台，隨後遍遊南部各大叢林，尋找更適合參禪悟道的環境，最後於枕頭山下（今台南市白河鎮仙草埔）暫且落腳。
嘉慶元年（西元1796年），釋應祥禪師因在大仙寺修行期滿，而想要找尋其它靈修參禪之地，遂選擇枕頭山南麓半山腰處一「半壁吊燈火」靈穴，將觀音聖像迎移其間，他獨自上山草建茅堂，即為碧雲寺之前身。
隨後有安溪、土庫、番社（今台南市東山區）儒生林啟邦等人，因仰慕釋應祥禪師學養品德，而前往拜師苦讀，後於嘉慶十一年（西元1806年）應試登科。為了感佩觀音靈佑，便合資大銀千兩，購買當時師徒所開墾的田地（俗稱九股仔，今碧雲公園），並於嘉慶十三年（西元1808年）正式興建，捐作寺產，取名「碧雲寺」。之後因為碧雲寺財力拮据，故陸續歷經嘉慶、咸豐及光緒等年間才依序興建完成。
道光十二年（西元1832年）發生張丙之役，碧雲寺受到嚴重波及，慘遭焚燬。光緒二十一年（西元1895年），因馬關條約割讓台灣、澎湖給日本，在台灣本島發生乙未戰爭，林添丁等人號召同志據碧雲寺抗日，卻寡不敵眾，寺宇也被焚毀。因日明治時期連續發生兩次大地震，寺廟又遭浩劫，大半寺院倒塌殘破。昭和六年（西元1931年）與大仙寺分寺拆產，各自獨立，並改由番社庄長陳按察等人負責管理和修建。
民國三十八年後的數十年時間，陸續興建清虛宮（天公廟）、地藏王寶殿、三寶殿等，並成立管理委員會、改組為財團法人董事會。而民國八十九年縣政府研擬修護計畫，於民國九十四年整修完竣。
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參考資料：
1.＜火山碧雲寺全球資訊網＞（http://www.bys.org.tw/）
2.＜維基百科 火山碧雲寺＞（http://zh.wikipedia.org/wiki/%E7%81%AB%E5%B1%B1%E7%A2%A7%E9%9B%B2%E5%AF%BA）