主要祀神

◎鎮殿觀音大媽
　　指鎮殿觀音佛祖，為觀音殿內最大型之觀音神像。大媽法像莊嚴，容貌肅穆，猶如嚴母以慈悲之心渡化世人。

◎三寶佛
　　三寶殿主祀三寶佛。佛寺中供奉的三寶佛通常是婆娑世界的釋迦牟尼佛、東方淨琉璃世界的藥師佛、西方極樂世界的阿彌陀佛。

◎地藏王菩薩
　　地藏寶殿主祀地藏王菩薩。其左右二處另供奉信徒所寄放的神主牌位。

◎金面玉皇大天尊
　　碧雲寺清虛宮又名「天公廟」，主祀金面玉皇上帝，民間俗稱「天公」，為萬神之王，居於凌霄寶殿，管轄一切天神、地祇、人鬼。此外清虛宮另祀有南、北斗星君、九天玄女、金面福德正神，虎爺公等神祈。

參考資料：

1.台南縣政府會編，《關仔嶺碧雲寺》。

2.番社庄鄉間文化工作室，《碧雲傳香》。

3.＜東山碧軒寺全球資訊網＞（http://www.bixuansi.url.tw/）

4.＜維基百科東山碧軒寺＞