以上所有的解決辦法，可歸納為最基本的「立法」及「教育」兩方面著手。但在執行上，應該要有一個完整的行政機關來統籌、制定政策、實施、管制，亦即應該設所謂的「海洋部」，以解決、規劃所謂的海洋事務。

馬總統原本在2008年總統大選的競選政見中，特別提到「藍色革命 海洋興國」為其海洋政策發展主張，主張設立海洋部。但是中央行政機關組織基準法中，為求組織精簡，法中明定行政院只能設13部，而這13部中並未包括海洋部。政府為了因應，遂改變原先的計畫而放棄了海洋部，改成立所謂的海洋委員會。如此一來，政務並無整併，海洋事權亦無統一。只靠修法就能改變的事實，為何如此乾脆的放棄？總統的政見如此容易就跳票，至為遺憾。

簡而言之，我國海洋事務包括：總體海洋政策、海洋國際事務、海洋資源科技、海洋人才培育、海岸安全巡防等諸多面向。目前職權分布在外交部、國科會、農委會、海巡署、漁業署…等不同部會，因此整併可說是勢在必行。以下試從海洋污染淺論海洋部設立之必要性：

行政院各部會對海洋事務不了解、不熟悉，無法有效的傳播、執行相關海洋資源保護、海洋教育、海洋建設等等工作。（例：文建會對水下遺產保護及管理不熟悉，經濟部礦業司對海洋礦產資源探勘與開發不熟悉）海洋事務因不甚了解被列為邊陲業務，發生問題時也成為各部會最棘手、最不願負擔責任的一部份。

另外，在發生重大船汙漏油事件時，是由環境部加上行政院主持的海洋污染防治專案小組共同負責。在阿瑪斯號船汙事件發生時，就是因為海洋污染防治法剛成立，原本應由交通部主管的船汙污染事件，變成環保署負責。在較無經驗的情況下，加上海汙法的相關子法及油污染緊急應變計畫尚未制定，因此而延誤了阻止油源外洩的最佳時機。（陳宜清，2007）
 

從海洋污染來看，海洋防治現今只是環保署水保處下之邊陲業務，且真正在海洋上有作為的機關是海巡署，故若「將海洋污染防治業務由環保署水保處移至海洋部，且海巡署亦為海洋部之下級機關，航政及船舶管理業務亦由交通部移至海洋部」（胡念祖，2009）如此，海洋污染防治、船舶污染排放等均可在海洋部一部之下受到統一的管理。