資源不足將導致海巡署在執法時心有餘而力不足，當然這問題的解決方式也只有補齊需要的資源，以下舉出立法院的質詢報告為海巡署資源不足的例證。

根據2008年7月31日立法院質詢稿，當薛凌委員質詢海巡署的船艦數量及分配時，行政院答覆： ｢海巡署現有20噸以上艦艇167艘，其中500噸級以上大型船艦有15艘，主要部署於北中南東4個機動海巡隊。｣ 海巡署執法海域面積廣達55萬平方公里，由以上答覆可知其設備相當缺乏，人員配置也十分不足。且檢視海洋巡防總局艦艇，近岸巡邏艇佔多數，實不利長時間之值勤。目前政府預算有限，不可能無限制地籌獲新裝備，然而仍需逐年編列預算，以增強執法的效能。