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清廷所訂的書院教育宗旨是在「導進人才，廣學校所不及
。」且鑒於府、州、縣學學級平行，無遞升之法，國子監則道里遼遠，四方之士難以群集，因而擬以院作為府、州、縣學之上級遞升學校，是故大清會典事例卷三九五即有「書院即古侯國之學也」之說，可見書院教育宗旨之崇高，更在一般學校之上。臺灣之書院亦秉斯旨而設，負起「興賢育才」之大任，臺廈分巡道劉良璧所訂「海東書院學規」中說：「書院之設，原以興賢育才耑為生童肄業，俾成人有德、小子有造。」為達此目標，訂下如下學規：一、明大義
二、端學則
三、務實學
四、崇經史
五、正文體
六、慎交友
明大義指「明君臣之義」。
端學則須遵白鹿洞學規「居處必恭，步立必正，視聽必端，言語必謹；容貌必莊，衣冠必整，飲食必節，出入必省、讀書必專一，寫字必楷敬，凡案必整齊，堂室必潔淨；相呼必以齒，接見必有定，修業有餘功，游藝有適性；人莊以恕，而必專所聽。」務實學，求明達用，養成深厚凝重氣質，「毋徒以帖括為之」。崇經史，強調六經為學問根源，士不通經，則不明理，「雖誦時文千百篇，不足濟事」。正文體，講文體應取程、朱之理，先王之法。慎交友，必「以文會友，以友輔仁」。明顯可看出臺灣的書院，精神上直接繼承宋明的書院學規，便明揭「習舉業」之項了。
其他臺灣各書院的學規大致與此類同。如楊桂森所訂「白沙書院學規」是「讀書以力行為先」、「讀書以立品為重」、「讀書以成物為急」、「讀八比文」、「讀賦」、「讀詩」，胡建偉訂的「文石書院學約」是「重人倫」、「端志向」、「辨理欲」、「勵躬行」、「尊躬行」、「定課程」、「讀經史」、「正文體」、「惜光陰」、「戒好訟」；林豪續擬文石書院學約八條，「經義」、「史學」、「文選」、「性理」、「制義」、「試帖」、「書法」、「禮法」諸項。可知，臺灣書院的教育目標亦縣的極，隱「成聖教育」的理想，為使這種抽象的教育理想具象化，便有所謂廟學制的發明，即設孔廟
於學校之內，孔廟內並配享先聖先賢作為從祀。這種學校內「祭祀空間」的設計，其目的在使士子於書本之外，透過釋奠之禮，去接近聖賢，於潛移默化之中變化氣質，收薰陶之效，因而刻意布置這種學習環境。同時也暗示士子，一旦學聖有成，亦可側身從祀行互，孔子夢周公，孟子學孔子，今則皆成聖，有為者，亦當如此。書院的「祭祀空間」，一向多祭先師，而不敢祭先聖，此因官設的儒學既已崇祀孔聖，非正式學校的書院，自然不能冒瀆，故多奉一大賢為主祀，餘賢從祀，以示本分。
臺灣的書院崇祀大約分為兩系，閩人的書院大多祀朱子或宗儒五子；人的書院多祀韓愈。此外亦有祀文昌帝君或倉聖（倉頡）等者。另有名臣，鄉賢也往往列入從祀，如文開書院祀朱子，而兩旁以海外寓太僕寺沈光文（光文字文開，書院以其字命名），徐孚遠、盧若騰、王忠孝、沈佺期、辜朝荐、郭貞一（以上為明遺臣）、藍鼎元（清知府）等八人從祀。從祀的理由，除他們有功於臺灣之文教外，前七人「係戀故君故國，閱盡險阻艱難」，取其孤忠耿耿；後一人協助平朱一貴之亂，有功於國家，並於其著作之中，發為仁義之言，取其仁義。仁義忠孝，朱子之垂訓，因而以諸賢配享。此八人「皆人師非經師」，蓋書院教育本以人格教育為第一，知識教育為其次，此八人之從祀，正可驗證前述書院教育的宗旨。
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