到台灣未滿一年，鄭成功反清復明的壯志未酬，於一六六二年五月結束了充滿波折的生涯， 享年三十九歲。他死後，因讚許其趕出荷蘭人及 開拓台灣的功績，移民崇奉他為「開山王」，在 台南建立「開山廟」。及至清朝時代，於一八七四年得到敕許建廟為「延平郡王祠」，正殿奉祀 鄭成功，後殿即奉祀其母田川氏。日本統治台灣時，把「延平郡王祠」改為「開山神社」，將鄭成功予以神化。

獲悉鄭成功死訊後，在廈門的鄭經立即趕往台灣。鄭經在台灣一旦 完成繼承安排後又回到廈門，但遭到清朝和荷蘭的聯合攻擊，於一六六四年一月帶領約七千名將兵及其家屬遷台，這是鄭氏一族所代表的反清復明勢力由中國的總撤退。