鄭經遷台後，首先把東都改為「東寧」，原來的二縣變更為天興州與萬年州， 澎湖島之外，北路和南路也設置安撫司。而且，又把承天府分為四個坊﹝街﹞與二 十四個里等，進行行政區域的重劃分，在「坊里制」之 下，著手戶籍制度的整理， 成為「保甲制度」的重要基礎。然而，鄭經與父親一樣享年三十九歲於一六八一年病死。他十九年間在中國各地，為征戰絞盡心力，無暇關心政務，因此，所有政務幾乎全部委任鄭成功以來的重臣─陳永華。
陳永華對鄭氏政權的台灣經營貢獻最大，隨著農地開發他確立土地制度、戶籍整理、並且籌設行政機構與制度，建立了鄭氏政權的基礎。 他並積極進行住民教育以養成人材、推廣海外貿易以確保財源。做為 「開山王」鄭成功的幕後功臣，陳永華的業績雖然幾被埋沒。然而，他的貢獻雖大，因為反清復明的國策，同時變成苛斂誅求的壓制，使台灣住民痛苦不堪。