鄭成功轉戰中國各地，但是徒勞無功，終於一六六一年被迫陷入固守福建的廈門、金門兩島的窘況。此時，台灣的荷蘭聯合東印度公司通事何斌、避債逃到廈門，對鄭成功陳述台灣土地豊饒勸其進攻，並獻上海圖。鄭成功將金門及廈門的守備交託長男鄭經，以何斌為嚮導，親自率領四百餘船隻及兩萬五千名將兵，同年四月首先佔領澎湖島，繼而將目標指向台灣。對荷蘭人抱著憤懣，尤其是郭懷一事件後敵愾心加深的台灣移民 對鄭成功的軍隊表歡迎。鄭成功迴 避面臨海峽的遮蘭奢城，襲擊防備薄弱的「普羅民遮城」，輕易而得手。鄭軍更進一步包圍「熱蘭遮城」，因而荷蘭人籠城固守等待巴達維亞援軍。台灣長官一方面向巴達維亞求援，另一方面要求原住民支援。但是，由巴達維亞派來的援軍錯失時機，而原住民的支援尚未到達以前便被殲滅。結果，荷蘭於一六六二年二月向鄭成功投降，撤退至巴達維亞。由此荷蘭在台灣長達三十八年 的統治終告結束。