在中國方面，不言賠償兵費，而將五十萬兩拆成十萬兩的「撫卹」與四十萬兩的「購買道路房屋」，算是在保存顏面的情況下息事罷兵

但因為承認日本出兵是「保民義舉」，日本遂片面以此認定琉球是日本的屬地。次年（1875年）開始進行「琉球處分」，令琉球終止向中國朝貢，復在1879年強迫琉球國王尚泰移住東京。

中國並未放棄琉球宗主權，多次對日本提出抗議。1880年兩國議定割沖繩島以北歸日本，宮古、八重山島屬中國，但最後中國未批准條約。直到1894年甲午戰爭日本擊敗中國，此事自然獲得解決，琉球主權歸於日本，中國無力再加以過問。

「牡丹社事件」後，中國體認到台灣的重要性，轉為積極治理台灣，增設府縣，並在1885年建省。