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光緒十四年六月「文昌祠」落成，正殿是教學之所，西廂是老師〈院長〉住所。除此之外，文祠〈註一〉尚提供來往府城、縣城應考的秀才舉人做休息之所，以及等待放榜時傳佳音之處。
光緒二十一年〈明治二十八年〉五月八日台灣割讓給日本，日本總督府占領台灣時，教育上的措施是：
明治二十八年在台北士林的之山巖成立「之山巖學堂」。
明治二十九年在台北成立「國語傳習所」。
明治三一年二月「苗栗講習所大甲分教場」設立於「文昌祠」內，但七月二十八日公布「台灣公學校令」〈敕令一七八號〉：以地方經費設立公學校，取代「國語傳習所」。故在同年九月三十日「苗栗講習所大甲分教場」廢止，創立時間僅七個月。
明治三十年十月一日大甲公學校創立，學制是四年制，學生四十餘人。教學科目：修身、國語、作文、算數、習字、體操及音樂等七科目。「文昌祠」西廂耳房改建成日本式〈六疊榻榻米〉二間房間，供校長金子政吉與教諭瀧野彌市居住。
明治三十二年二月，日人治賀哲太郎應聘為代用教員，並與女婢島村柚小姐住於西廂耳房。
明治四十年，學制由四年制改為六年制，學生人數增加，「文昌祠」校舍不敷使用。
明治四十年，大甲公學校舍完成，因而選出「文昌祠」。「文昌祠」改為日本人小學校的分教場時，遭鎮民反對，發生衝突，結果造成日本小學分教場關閉。同時請求設漢學教育，廟埕也成為「台灣文化協會」講演場所。
大正十年大甲公學校教室不夠使用，以東西廂房充做一年級及幼稚班教室。漢學教學，暫時宣告結束。
大正十三年王進財先生任漢墊教師，恢復漢學教授，並有教習武藝，使成文武兼備的書院。
昭和三年，借「文昌祠」上課之大甲公學校學生，遷回原學校上課。吳灶社先生有感於漢學之重要，乃利用「文祠」招收學生教授漢文，只要有心學習漢文者，不論男女老幼均可參加，學生每月繳一元，以為老師束脩。
昭和十年，黃清吉與地方上一些前清秀才，創設「崇聖會」，每年舉辦祭孔子大，「文祠」的漢墊教育極具典，繼承孔子有教無類的遺風。同年四月因「墩仔腳大地震」部分受損，大甲街長柴田伊平先生派人修復。
日治時期，日人實施「皇民化政策」，不准百姓奉祀神明、祖先神祇，鄉民紛紛暫移「文昌祠」寄放，「文昌祠」遂成了間接保存人們「慎終追遠」美德的地方，稱為大甲人「心靈寄託」的支柱。
明國三十四年台灣光復，雖然「文祠」東西廂房均有住戶，但正殿依然有琅琅書聲，仍是父母望子成龍、望女成鳳的寄託之地。
明國三十八年遷台後，一些保警人員及榮民，一時無安身之所，安置於「文祠」內，從此學子琅琅書聲不在，取而代之的是吵雜之聲。
明國七十三年鎮公所遷移住戶，次年十一月二十七日內政部指定第三級古蹟。因種種人為因素，加上年久失修，樑柱腐朽，磚瓦殘破，八十二年六月一日開始整修正殿與三川殿。其餘護龍、圍牆、聖蹟亭及增設的山門和照壁…等列入第二期工程，並於在九十一年底完工。
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