紅麴並不能像一般的米一樣，直接煮來吃。一般的用法，比較像是一種「佐料」。

早期農業社會，紅麴的運用還是以著色劑的角色居多，像是「紅龜」、湯圓、發糕，這一類的食品，往往在逢年過節時，會利用紅麴本身的顏色來增加食物的色澤，滿足中國人喜歡紅色習俗。這時候，通常是把紅麴直接磨成粉，或是加水成汁，在烹煮食物的過程加入，使食物變成有紅紅的顏色。

另外一種方式比較特別，就是把紅麴再發酵，讓它成為「紅糟」。根據我們訪問中藥行的結果，這樣的吃法對於紅麴的效用比較能發揮。在傳統客家人有一道菜：「紅糟漬肉」就是利用發酵過的紅糟，把它塗在煮燙過的鴨肉、五花肉，或是豬耳朵上。這樣的做法，據說肉讓紅麴浸漬過了，不但口感變得更好，而且也不容易變壞。

紅麴香腸是很特別的一種，它不但利用紅麴著色的效果，也發揮紅麴防止肉類食物腐敗的特點，所以在樹林製的紅麴香腸就沒有添加一般香腸常有的亞硝酸鹽，不但好吃，而且健康。

現在，紅麴的應用更多了。除了上面提到的，還有：紅麴貢丸、紅麴麵、紅麴醬、紅麴碗糕、紅麴豆腐乳、紅麴醋、紅麴餅、紅麴葡萄酒、紅麴調味料…等等。而且，為了現代人的方便，也有紅麴相關的科學中藥或是膠囊產品。