經營主體 
當初台南縣政府所計畫的園區營運模式是以公開甄選方式，委由民間具有國際行銷能力的組織團隊來管理，這種委外營運模式主要依據「促進民間參與公共建設法」(OT)來辦理，不過在基礎設施
尚未完成前則先由政府進行管理建設。隨者蘭花業者進駐、興建溫室及各項公共工程的進行，台南縣農業局自93年12月21日先行進駐管理園區，設有主任、副主任及數位承辦人員，等級相當於農業局的課級單位。
民國94年9月28日至10月31日期間，縣政府上網公告徵選營運主體，可惜無人領標及投標。由於蘭花園區是一個全新的政策與創新，遴選經營主體需具有生產蘭花、管理園區、外銷及承辦國際行銷等能力，這種全方位的經營主體目前能較不易覓得，而且園區也在進行內容之調整，因此目前仍由台南縣農業局負責園區的業務，待適當時機再辦理委外。
未來將進駐的單位
台灣蘭花生物科技園區一開始就定位為一個以外銷為導向的生產基地，除育種、生產外，還扮演技術研發、行銷、交易等多功能平台。因此在規劃之初，除管理單位外，也預留技術研發服務（台南區農業改良場）辦公室、病蟲害檢疫辦公室（防檢局）及生產技術試驗中心預留地等，以加速園區業者出口作業及花卉推廣，防檢局及南改場亦允諾可進園區執行業務。不過目前正式生產業者僅第一期的10家，考量前述單位現有之人力及經費的有效運用及避免浪費，因此這兩單位還尚未進駐園區。
台南縣新嘉國民小學˙95級以那卡團隊製作
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