「紅樹林」的由來，是因為有一種叫做紅茄苳的紅樹林，其莖部是紅色的，加上樹皮可以提煉紅色染料，後來，就統一將這一類的樹木稱作「紅樹林」了。台灣原有六種紅樹林，但是現在僅存水筆仔、五梨跤、欖李及海茄苳四種。芳苑的紅樹林屬於水筆仔和海茄苳的混合林，但主要樹種為水筆仔。