1954年是台灣外科史上值得紀念的一年，這年林天祐發明了「手指切肝法」，他將原肺臟手術的技術，以自身豐富的經驗與巧思，轉而應用到肝臟手術上，成功地進行了左肝葉的切除。此一新手術法所需時間甚短，克服了過去肝臟手術的困難，不僅他個人因此揚名國際，台大外科更自此成為世界聞名的肝臟手術王國。

　　儘管此時林天祐已因「手指切肝法」而世界知名，但他並不以此為滿足，繼續向心臟手術挑戰。1956年2月，他對於一名後天僧帽瓣狹窄的病人，進行了「盲目法」的開心手術，成功地完成了國內首樁開心手術。1964年8月，他再次對一名大動脈竇動脈瘤破裂的病患動刀，這次的手術終告成功，他又再次寫下歷史的新頁。此後他又陸續完成了數例開心手術，從此奠定了台大「心臟外科」的基礎。

　　1970年他發明了「肝鉗子」，防止肝臟手術大出血的危險。1973年，他又發明了比「手指切肝法」更簡單的「壓碎肝切法」。他對肝臟外科的投入，一直到他退休後十餘年都無法忘懷。1987年，他將三十餘年的經驗與智慧寫成〈肝癌外科治療三十一年經驗〉一文，發表在《美國外科月刊》期刊上，自此正式告別其醫學生涯。