（一）總統於民國91年9月8日「三芝會議」及同年9月10日宣示政府「反恐」立場談話（今天的恐怖主義已經是無孔不入，全世界幾乎都籠罩在它的威脅之下；包括中國加速發展類似於恐怖主義攻擊手段的超限戰方式，亦已嚴重威脅我國家安全及台灣人民福祉，我們嚴加譴責，也呼籲國人應提高警覺）後，國防部即成立「專案小組」，重新檢討國軍支援「反恐行動」全般規劃與整備，以強化國軍危機預防與應變之防處能力，並於民國93年上半年度將「聯戰指揮體系」戰情輪值體制，調整為「五大中心戰情輪值體制」，兼負「危機處理中心」。民國93年下半年，除將救災任務正式納入編裝，並依任務需要，由海軍總部、後備司令部先期採購海事衛星電話20具及5項救災（難）裝備（掌上型全球定位系統、油壓式千斤頂、舷外機、水下數位攝影機及防寒衣），部署於本島北、中、南、東地區後備司令部及海軍救難大隊，大幅提升國軍災變應援能力，並配合行政院「反恐怖行動管控辦公室」之設置，於民國93年12月10日起派員進駐，專責處理國軍支援反恐及災害應變事宜。
（二）為整合地方政府的動員與災害救援資源，發揮互通共用功能，國防部以行政院動員會報秘書單位立場，協助並配合內政部規劃災害防救機制與全民防衛動員相互整合事項，俾於平時落實災害防救，戰時有效支援軍事作戰，以建構完整之「國土安全網」。
（三）未來「危機處理應變」工作目標，除持續建構可反制「不對稱」威脅的防衛戰力，以應變中共的「軍事危機」外，並以「危機預警」重於「危機處理」之觀念，置重點於平時「恐怖活動」情資蒐整及交換，掌握先機，遂行「反恐怖行動」支援任務。