臺灣有二間店舖宣稱是珍珠奶茶發明者。一說台中市經營泡沫紅茶店「春水堂」的劉漢介先生，自稱於1983年開始實驗製作奶茶，又說是店內女職員無意中調製成功。當時所加材料為水果、糖漿、糖漬地瓜、和粉圓。他推出的奶茶剛開始的時候並不受到歡迎，但是偶然機緣下，經一家日本電視節目的訪問後，終於吸引了生意人的注意。

另一說則是臺南市翰林茶館涂宗和先生所發明，據稱約1987年在鴨母寮市場見得白色粉圓而得到靈感。故早期珍珠為白色，而後才改為黑色今貌。但這兩間店皆未申請專利權或商標權，使得珍珠奶茶成為臺灣最具代表性的國民飲料。

1990年代前半，首先是列入「小歇」等連鎖泡沫紅茶店的菜單，由於泡沫紅茶店是咖啡店在台灣流行之前，上班族談生意與學生聚會的熱門場所，珍珠奶茶開始廣受學生喜好。接著，在學校附近或補習班密集的地區、夜市等，逐漸出現珍珠奶茶的攤販。1990 年代後期，有業者引進「自動封口機」取代傳統杯蓋。許多新的投資業者，如樂立杯、休閒小站、大聯盟、快可立等，採用自動封口機開始拓展連鎖外帶飲料店業務。自此，外帶式的珍珠奶茶店成為主流，也因為連鎖店的參加，商人開始將珍珠奶茶拓展到全世界，成為台灣國際知曉的知名食物之一。為了爭誰才是發明珍珠奶茶,"春水堂"和"翰林茶館"曾互相告到台灣法院。

在台灣，廣義的珍珠奶茶店已經取代以前泡沫紅茶店，成為茶類清涼飲料店舖總稱的代名詞。通常一般珍珠奶茶店的特色包括琳瑯滿目的菜單、自動封口機等。在大陸等地甚至有人認為台灣珍珠奶茶最大的特色就是使用自動封口機封口。

2004年中華民國政府提出6108億軍購案後，由於社會存在疑慮，國防部甚至推出文宣，喊出「一週少喝一杯珍珠奶茶」的口號，顯見珍珠奶茶在台灣的獨特地位。

到了2008年，國民黨執政後轉向爭取軍購，台灣的珍珠奶茶消費量也因為進口自中國的乳製品普遍添加三聚氰胺而大幅縮減。

珍珠奶茶店一般會販賣的飲料，還包括下面這些：
•雪泡（只有奶精，不加茶類的飲料）。
•冰沙（把冰塊打細，類似思樂冰的飲料）。
•凍飲（流行於中部，類似冰沙，但保持冰塊顆粒較大）。

除了木薯粉圓以外，也有許多店家以咖啡凍、布丁、仙草、蒟蒻等類似口感的食物添加進奶茶裡。