以大型魚類鯊魚為例，在食物鏈中是屬於頂端的生物，一旦少了他們，第二層的魚類就會變多，使第三層的魚類變少，之後就會造成金字塔崩毀，引起整個生態系的不平衡。包括鯊魚、黑鮪魚、旗魚這種處於食物鏈頂端的生物，只有少數的天敵，牠們生長很緩慢並只產下少數的後代。因此，過度的捕殺會對族群造成極大的傷害，而且需花很長的時間回復到原來的數量。許多種鯊魚的數量在過去的50年裡已減少了90%，有些鯊魚在過去的35年裡甚至可能已經減少了97%-99%，換言之，每一百隻只有一隻鯊魚能存活。｢鯊魚是位於海洋食物鏈頂端的捕食者且維持著整個生態圈的平衡，因此牠們對海洋生態圈的整體健康極為重要。｣一旦此一物種減少或滅絕，食物鏈將牽一髮而動全身，其他物種的生存也將受其影響。

即使捕捉的非大型魚類，過度捕撈一樣會造成危害。中央研究院生物多樣性中心研究員鄭明修及澎湖海洋生物研究中心自2009年起，就注意到西吉嶼海域的棘冠海星密度極高，2012年3月調查密度更達每公頃160隻。海管處表示，許多珊瑚礁群因為棘冠海星的啃食，已出現大量白化，對當地的珊瑚礁造成嚴重威脅。至於澎湖海域棘冠海星數量異常增加，與其天敵大法螺遭濫捕也有相當關聯性，因此建議澎湖縣府立法禁採大法螺。在環環相扣的生態系，對任一族群的過度捕殺，都會造成不可預料的蝴蝶效應。

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