11月中旬日軍雖言「全台悉予平定」, 然而抗日活動並未因此告終, 12月底北部開始出現一些佈告, 一位自稱受到劉永福之命的抗軍前清哨官胡阿錦, 將「剿殺倭奴,掃除兇逆」, 1896年元旦, 反抗軍聯手反攻台北城,
之後雖被日軍鎮壓下來, 但以後幾年終於台灣各地仍不斷出現大型的武裝反抗行動, 如抗日三猛 ─ 北部的簡大獅、 中部的簡義及柯鐵虎、南部的林少貓。