6月2日,
清朝全權代表李經芳與台灣總督樺山資紀在日艦橫濱號完成台灣交接,樺山資紀便以台灣總督的名義在各地張貼中、英佈告,表示日本已依馬關條約接收台灣及澎湖主權,要人民各自安分守己,必可受到政府保護。不久,基隆被日軍近衛師團攻陷,台灣民主國內部發生紛亂,而台灣民主國總統唐景崧喬裝,脫逃前往廈門。至此,乙未戰爭勝敗之勢漸趨明朗。
5月29日至6月18日止,此戰爭的兩方正規軍交戰告一段落。此階段,清兵及台灣民主國轄下兵勇等,共約3,000名餘名正規軍參與戰役,戰死者不下200人。日軍因為裝備新穎,實際傷亡並不多,其中,實際參加戰役的4,000餘名近衛軍團中,死亡大約只有7名,受傷者25名。不過這段時間,因為日軍水土不服,罹患霍亂瘧疾死亡者,遠比這陣亡的這數字還要多。
6月14日,台灣總督樺山資紀自基隆乘火車入台北大稻埕。
6月17日,樺山總督於台北城內原「台灣布政使司衙門」的總督府舉行台灣「始政式」。
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