撒奇萊雅族在這段時期取得奇萊平原領導地位。但為了保衛既有領域，與清軍發生多次大規模武裝衝突。中國清朝統治台灣期間，撒奇萊雅族一度取得花蓮奇萊平原的領導地位，許多山岳均以「奇萊」命名，例如奇萊平原、奇萊山，此後族人為了保衛既有領域，多次與清軍發生大規模的武裝衝突，尤其在一八七八年發生的「加禮宛事件」，更造成族人死傷慘重，部落人口紛紛逃散，有些隱居於阿美族部落，但有更多的族人是流離失所。