依據宮中沿革碑誌中的記載，慈諴宮的管理是採用管理人制的組織，當時是與神農宮、芝山岩惠濟宮共同由士林寺廟管理委員會來管理。

士林寺廟管理委員會的歷任委員長如下：

第一代委員長由潘永清先生擔任。

第二代委員長由楊錫侯先生擔任。

第三代委員長由潘光楷先生擔任。

第四代委員長改為主任委員，由何金塗先生擔任主任委員。

第五代主任委員由林正雄先生擔任。

民國82年9月時進行重組，成立「慈諴宮管理委員會」，經政府正式登記立案，「慈諴宮管理委員會」的歷任主任委員如下：

第一屆主任委員由林正雄先生當選，委員有蔡塗火、許輝雄、郭益阮、吳旻哲、何坤池、施萬春、曹永祥、施朝和等先生。

第二屆主任委員由郭榮芳先生擔任。