在河水中有:
1.工廠廢水(重近屬污染有毒化學物質污染.) 冷卻廢水、製造過程廢水、鍋爐廢水、清潔用水及工廠內汙水等。主要的是耗氧物質、懸浮、溶解固體、油脂、顏色、臭味、酸鹼性、毒性物質或放射性物質。

2.電廠廢水(熱污染-珊瑚白化.魚病變) 某鄉工業區電鍍工廠廢水流入溪底排水系統，從排水溝到大肚溪出海口沿途魚群暴斃，威脅下游的養殖文蛤、西施舌，某縣政府環保局稽查隊已前往調查，並將汙水抽到汙水處理廠，希望能降低對養殖區的威脅。伸港鄉溪底排水系統從全興工業區經全興村，再從大肚溪出海口入海，昨天下午全興村民發現溝水變成黃褐色，魚群翻肚死亡，水閘門魚屍數量更多，懷疑溝水遭汙染，立即向環保局稽查隊檢舉。魚群大量死亡，引發大肚溪出海口一帶文蛤、西施舌養殖漁民恐慌，漁民曾進來說，除淡水魚，潮間帶也有許多魚暴斃死亡，往下就是養殖區，光文蛤就有500公頃，一旦汙水流入，將造成重大損失。稽查人員當場製作稽查記錄，縣府漁業課也採集魚屍送驗，如造成死亡，將協助漁民向業者索賠。

3.農牧業廢水.家台灣地區截至西元1993年約有九百七十五萬四千頭豬，四萬餘豬戶，造成的排泄物流入河中是污染主要來源，而其他尚有飼養雞、鴨、鵝、魚牧、養牛、羊等造成的污染問題有待解決。.

5.溫室效應:自地球形成以來，大氣的成分，微量氣體無時不變，其量雖微，卻是決定性的角色。地球溫暖化的原理是大氣吸收來自地球表面所釋放之長波輻射，再反射回地面，藉著此種自然的溫室效應，維持地表之溫度。近年來人類製造之化學品產生空氣污染，正以空前未有之速度，改變大氣結構。特別是化石燃料燃燒後所產生之CO2氣體，大量排放進入大氣後，吸收地表之長波輻射，造成之人為溫室效應使地表溫度逐漸增加。雖然，至目前為止，僅增加少許溫度(過去100年只增加0.3℃至0.6℃)，海平面則持續上升。工業革命後CO2濃度增加28％，科學家預測若不採取任何防治措施則於西元2100年時，地表溫度將較目前增加l℃至3.5℃，海平面將上升15至95公分，此種溫室效應對於整個生態環境(包括地球、海洋與人類的經濟、社會等)及全球氣候，將有深遠而不可知之影響。

6.優養化:在自然界中，磷酸鹽類是稀有的成分，為植物成長中的一種限制因素。當含磷酸鹽物排放到湖水中時，將造成水草、藻類的大量增生，而在增生的過程中大量消耗氧，使同時生長於此環境中的魚蝦等生物受到波及，這種狀況一旦到達一個臨界點，就會造成水中生物的死亡。這是「優養化」的現象。

有些洗衣粉.農田排出的肥料與農藥也有磷酸鹽。當家庭或工業污水及土壤流失，而將大量含氮、磷等營養物質帶入水中，這些含氮、磷的營養物質是水生藻類最主要的營養來源，於是水中的浮游植物繁殖加速；跟著以浮游植物為食的水生動物也因此而大量增加。於是水中的動、植物會因為糧食不夠分配而大量死亡，死亡的生物屍體沈到湖底，成了微生物的食物，生物屍體分解及微生物的呼吸都需要消耗大量的氧氣，當耗氧需求太多，下層湖水氧氣補充不足時，就會造成水質呈現缺氧狀態。水中一旦缺氧，這些動、植物便相繼死亡，水質也就逐漸的惡化，這就是《優氧化》的現象。

7.公主城居民嘉化：深受屎尿味干擾，白天吃的食物、喝的水都很像是在吃糞喝尿，導致全家人因經常感到舒服。民國86年搬到這裡，在受到惡臭味影響的情況下，我曾經致函給市議會，但情況都沒有改善。

這股味道一直影響我們的健康，隨時可能導致我們致命。雖然很想搬家，但房屋價格被壓得很低，且房子又找不到賣主。由於長久住在這裡，我們還能忍受這股味道。初到我家的親戚朋友，有些因為無法忍受臭味而馬上離開。

8.（柔佛•古來）古來公主城的兩座化糞池，疑直接將污水排到士姑來河支流，導致河水受污染而變黑。周圍約600戶人家及3所學校師生，也飽受噁心氣味的困擾。受影響最嚴重的公主城第二期住宅。目前已有逾30%居民由於無法忍受惡臭而遷往他處，將他們的房屋租給外勞使用。武吉峇都區州議員披露，這兩座分別位於公主城主幹公路旁的大古來城化及公主城第二期的公主城化糞池，已運作9年之久。近幾年來，因為人口增加與使用量遞增，化糞池過濾後排往附近河道的水，發出濃烈的臭味。

髒水流入士姑來河

他表示，因這條河道屬士姑來河的支流，受污染的河水會流入士姑來河。他指出，除了附近居民投訴受到臭味的困擾，附近的學校及幼兒園，也深受臭味干擾。張震亮披露，化糞池將污水排放到河流時，要先行過濾，以確保排放出來的水污染河道。但當他親自到現場檢查時，卻發現有工廠直接將污水排放到河道，所以排放的水流極為污濁。他說，週三已經致電英達利水排污公司投訴，因此週四早上大古來城化糞池排放的水已沒有週三那樣混濁。他說，這間公司也經於去年1月間，花費巨大金額提昇公主城化糞池的系統，以期改善排污的情況，但原訂於年1月(2009)完成的工程，他表示將繼續跟進有關工程。

（參考資料：http://tw.knowledge.yahoo.com/question/question?qid=1608100200254 、 http://tw.knowledge.yahoo.com/question/question?qid=1405122904847、http://tw.knowledge.yahoo.com/question/question?qid=1609012906986、http://gaia.org.tw/ 、http://mykampung.sinchew.com.my/node/72634）