漁女
有關於媽祖的身世記載最早見於南宋紹興二十二年(1150年)進士廖鵬飛所撰『聖墩祖廟重建順濟廟』一文，文中關於媽祖出生只載『姓林氏，湄洲嶼人。』其餘未見有詳述。而後相傳媽祖原名林默娘，福建省莆田縣湄洲嶼人，父兄以討海捕魚維生，不幸遇難而亡，於是矢志潛心修行，以救助海上逢難之人。甚至有『神姓林氏，興化莆田都巡官之季女』記載，躍升成為出生官家的官小姐。

女巫爭論
根據南宋進士廖鵬飛所撰『聖墩祖廟重建順濟廟』一文，『姓林氏，湄洲嶼人。初以巫祝為事，能預知人禍福。』的記載，於是許多學者認為媽祖為女巫出生，而歿後成鄉民祭祀之女神。但廖鵬飛距媽祖於世有兩百餘年之距，況『能預知人禍福』之能者，就一定為巫嗎？許媽祖有預測天氣之能，但為使鄉民深信而免於災禍，故借巫祝儀式而取信於鄉眾。且廖氏為南宋儒生，儒家在不語怪力亂神之思想下，難免對神祇之神蹟有輕視之態度。自元代以降隨媽祖信仰之普及，『巫』之記述已不多見，而轉變成媽祖幼時獲授道法之傳說。而媽祖之爭論尚有『龍女』、『觀音』轉世之說，至明『天妃顯聖錄』之廣傳後加上清朝對媽祖之推崇，而成今大眾廣之的『孝女成道』之媽祖。

官方的承認
宣和四年〈1122年〉，給事中路允迪奉旨出使高麗，航行途中遇狂濤怒浪，其餘的船隻均覆沒，唯有路允迪所乘做的船在媽祖的指引下，避開風浪而平安抵達。事後，路允迪上奏朝廷，?媽祖請功。宋徽宗特賜莆田寧海聖墩廟廟額為「順濟」，媽祖信仰得到了官方的承認。

夫人到天后
此後幾百年間，自南宋高宗紹興二十六年（1156年）起至清朝，歷代皇帝出於種種原因，多次給媽祖疊獎褒封，封號由2字累加至64個字，爵位由「夫人」、「妃」、「天妃」、「天后」、「天上聖母」，不斷升級，直至無以復加。宋光宗封「靈惠妃」是媽祖稱妃之始，清康熙加封「天后」，雍正又加封為「天上聖母」，朝廷的累累封賜，最終樹立了媽祖至高無上地位，也使媽祖這一民間信仰的傳播範圍愈益擴大，幾乎遍及全國。