一、土地因素

無尾港水鳥保護區雖然有一百公頃，但主要區域是防風林和海岸沙地；溼地部分，只有馬賽河的舊河道約六公頃土地納入保護區範圍內。其餘週遭約十餘公頃的私有溼地，雖經促進會十年的努力，在百分之九十的地主都同意土地被徵收利用的情況下，政府部門仍然無法處理溼地徵收的問題，造成保護區經營管理的致命傷。縣政府和農委會踢了十年的皮球的結果，只是增加民怨，買年多害死一堆無辜的鳥類。這幾年來我們目睹渡冬的雁鴨大都棲息在大眾爺廟前或是舊閘門下的私有地上，而保護區範圍的舊河道裡已經見不到什麼水鳥；對於這種情況，

我們可以裝聾作啞會是昧著良心歌誦無尾港水鳥保護區保育有成嗎？這難道不是設立水鳥保護區最大的諷刺。

二、水文因素

無尾港溼地的形成有自然也有人為的因素，其中人為因素才是溼地形成的關鍵因素；生活在這裡的每一位中年老人腦中都有一張張馬賽河演化的影像，無尾港溼地環境改變的快速，外人實在很難想像。當初水鳥保護區急就章式的設立方式，根本沒有注意土地的自然史，對水文環境的認識不夠，造成保護區定位的盲點。一直到今天，還有許多保育專家無法清楚認知無尾港溼地在沒有人為控制的情況下將急速陸化殆盡的事實，選再主張自然無為的管理方式。若趙他們的主張直續下去，無尾港溼地在三十年之內必將消失；試問這樣的水鳥保護區有存在的必要嗎？

幾年前青境工程工程顧問公司的規劃報告，對保護區的水文系統提出人文的改善計畫，可行性或許有些爭議，但是規劃書中提出的多點建議，其實是最契合無尾港溼地水文歷史演化的圖像；可惜在縣府主事者無心以及保育專家學者的互相攻訐的爭議當中，該計畫案無法檢討落實。如今七星山的水源已經被截斷，新城溪口在沒有環境評估之前又加以整治，對無尾港溼地的影響實在難以評估。

三、保護區的定位不明，缺乏管理機制

在促進會的督促下，幾年前由縣政府和地方鄰里長及保育人員組成的無尾港水鳥保護區諮詢會議，如今隨著人事更迭已經停擺。保護區也無專人管理，傾倒垃圾，採集野生動植物的非法行為層出不窮。幾次颱風過後，海砂大量入侵溼地，也無專責單位提出問題檢討，對溼地已經造成無法估計的傷害。公共設施損毀後的修護，也經常是遙遙無期，更不用提保護區管理日誌的建立。
從中央政府的農委會，到地方主管機關的縣政府，沒有人能說清楚保護區的定位、目標和實際經營策略；就連專家學者也各個意見不同，無法落實環境保護的議題。計畫案、研究案重重疊疊成篇纍集，多是在創造名詞模糊焦點；計畫通通變成畫餅，片片段段的調查報告追不上環境變遷的速度，結果只是浪費納稅人幾百千萬的錢，對環境保護卻沒有一點效益。保護區無法提供水鳥一個安全的庇護所，反而變成人性貪婪的競逐場，讓人無法理解保護區到底是在保護水鳥? 還是在保護稀有的專家學者?

四、無法解決社會衝突

無尾港溼地的週遭有大片的農田，春耕季節有許多的水鳥會在稻田裡覓食。水鳥從以前開始就是農民心中的痛，對於掛名水鳥兩字的保護區自然產生負面的感情；尤其是保護區成立之後，溼地環境不但沒有改善，反而加速惡化，造成更多的水鳥在私有田地裡覓食破壞稻作，農民的憤怒可想而知。土地徵收的問題官方一再失信於民，豎立水鳥保護標竿的結果，只是讓農民把憤怒轉嫁到無辜的水鳥身上。每年春天，無尾港周遭都有許多水鳥被毒死在稻田裡，保護區設立的美意非但無法達成，反而害死更多的水鳥。如果無法排解這種衝突，這樣的水鳥保護區還有掛名存在的必要嗎?
這幾年來，促進會慢慢說服私有溼地的地主，接受土地被徵收成為保護區一部份的方案，並且居中協調，獲得大部分地主的同意；但是政府部門卻一而再、再而三的食言，失信於民，這到底是刁民還是昏官的錯?鑒於政府部門保育經費拮据的事實，促進會當初也曾提出過替代方案，由政府單位依據保育法將重要溼地納入保護區範圍以便管理，每年編列四十萬的預算當作地主的保育獎勵；地主們也大都同意，但是農委會和縣政府互踢皮球，拿專家審核當擋箭牌，置農民權益不顧。如此無法落實的保育法和保守官僚的農政體系怎能期望他們善待土地。

《資料來源:第二次無尾港文教會訪談紀錄》