在保護區濕地的主要水域及核心區有8.45 公頃的田地目及 4.25 公頃旱地目，為私有農地，並未劃入保護區範圍。多年來，該區因野鳥棲息干擾，無法耕作而休耕荒廢，導致棲地逐漸陸化。水域上游又承接新馬社區都會污水和龍德工業區廢水於漲潮時迴流匯集，累積污染淤塞，強勢的蘆葦及布袋蓮壓迫河面，使河道縮減而面臨生態惡化的危機。

宜蘭縣無尾港文教促進會於1997年初成立後，即積極介入保護區周邊私有農地的經營管理。同年 9 月，核心區約 4.5 公頃私有地農民因休耕補償問題未受妥善解決，而蘊釀以強烈的化學方法鏟除耕地雜草，甚至將以廢土填平該區，導致促進會介入居間協調，私下募款，以人工手段剷除該區蘆葦、雜草同時進行翻耕復育工程，解決地主休耕及轉作補助的問題，暫時平息地主的反彈聲浪，並引發棲地改善的開端。