蘇花高環境影響說明書提到工程施工期間產生的堆置挖方量為 1270萬立方公尺，路堤填方量約990萬立方公尺，隧道群棄渣量約1100多萬方公尺，堆置廠設置點為新城溪右岸，南澳南溪南岸及漢本新生地。雖於環境差異影響評估中調整土方處理方式，將部分土方運至新設土資場利用，需外運處理土方下降，不過有依其工序推估，堆置期長達數年，其土方將可能造成河流淤積，或將土中重金屬由地表逕流入溪或滲入土壤，造成河川及土壤污染。

蘇花高全線隧道路段長達 40公里，預定路線不但經過眾多河川行水區及水污染管制區，而且穿越宜蘭縣南澳碧侯及花蓮縣和中水源水質水量保護區，與接近多道斷層，隧道工程所必要之止水化學漿液灌漿等等，花蓮沖積層孔隙率大、透水良好，都將影響此區水質、水量與安全。

圖：蘇花公路沿線 觀音瀑布