行控中心就是「行車控制中心」！行控中心可說是捷運系統的大腦中樞，負責整體捷運系統及列車的運作、操控。

一、行控中心的配置
　　高雄捷運行控中心座落於鄰近高雄小港機場的南機廠內，為地上六樓地下一樓之建築物，除一般行政辦公室及建築物必要之機房外，行控中心最重要的就是二樓的機電系統設備機房及三樓的中央控制室。捷運機電系統所有狀態及控制資訊皆收集於設備機房內處理，而中央控制室則負責所有行車運轉及設備監控。簡言之，設備機房就是接收及控制系統所有訊號的處理中心，而中央控制室則是接收處理訊息、下達指令的中樞。

二、行控中心的組織
　　行控中心的組織可分為管理/行政人員以及控制室輪班值勤人員兩大部份。
　　其中中央控制室輪班值勤人員可以說是行控中心的第一線，各席位各司其職且相互支援。透過偌大的背投影螢幕，可以監看路線上列車運行、號誌、電力、環控及閉路電視顯示情況；再利用席位上號誌及資訊管理電腦系統等所提供的各項控制功能進行列車調度，而閉路電視、廣播系統、無線電、旅客資訊顯示系統及直線電話等通訊設備，則提供行控中心人員正常運轉、緊急調度、監看月台旅客動態與列車到離站畫面，以及系統異常的資訊顯示與廣播訊息。此外，還有電力及環控系統、地震、風速即時資訊監控電腦等，使行控中心得以隨時進行應變處理，確保旅客的安全與舒適。
　　高雄捷運雖不是二十四小時營運，但行控中心卻是二十四小時不打烊，因為在末班車收班後開始的維修工作管控及營運前的路網巡軌等準備工作，都必須謹慎處理，才能確保整個系統運作安全與順利。

三、行控中心的功能
　　行控中心的功能就是平時維持整體系統的運作，使列車遵循列車時刻表運行，達到班距、準點率等各項服務指標之要求，以提供旅客安全、舒適、 便捷的捷運系統。

　　藉由各項設備監控列車、旅客及工作人員以便隨時掌握狀況；當系統設備異常狀況發生時，能夠在最短時間應變，擬定降級運轉模式、調度列車，使捷運系統仍能維持服務水準。緊急事故狀況發生時，整合列車調度、電力及環控控制系統，適切指揮列車司機員及車站站長，控制事故影響至最低程度，減少人員傷亡及設備損壞，同時聯絡通報公司內部 (如：相關運務、維修、公司高層等單位) 或公司外部單位 (如：消防、醫護、警察及電力等單位)，以便能儘速完成處理緊急狀況，恢復正常營運。