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因為溫泉水富含礦物質，溫泉導管在使用一段時間之後便會產生礦物沉澱結垢的現象，縮短其使用年限，通常比較容易發生在近中性或弱鹼性的高溫熱水內，特別是富含CO2與SiO2的熱水。熱水內的某些成份（例如鈣和二氧化矽）在地下多半已經達到飽和或接近飽和濃度，也就是達到它們與某些礦物（例如方解石和石英）之間的化學平衡狀態。當這些熱水自地下深處上升至地表附近時，由於壓力大為降低，結果導致二氧化碳大量逸出、Ph值上升、熱水汽化濃縮其成份。這些現象造成原來已經達飽和狀態的成份變成了過飽和，這就是熱水發生沉澱的主要原因。某些近中性或弱鹼性的熱水在大量二氧化碳逸出後容易造成方解石的沉澱或結垢，另外高溫熱水在大量汽化與溫度大幅下降後也容易產生二氧化矽沉澱或結垢，有時候連氧化作用也會引發沉澱現象，例如：二價鐵氧化可以造成Fe(OH)3沉澱，H2S氧化也可能產生自然硫的沉澱。
※管垢種類
◎鹼性土類金屬
鹼性土類金屬碳酸鹽雖然溫度降低並不利於碳酸鈣的沉澱（因為其溶解度和溫度成反比，溫度愈低溶解度愈大，熱水在溫度下降之際，其鈣離子濃度反而不容易過飽和而產生沉澱），但是由於熱水的酸鹼度或碳酸含量對碳酸鈣溶解度的影響遠超過溫度這項因子，因此當熱水自地下深處上升至地表附近壓力驟降時，二氧化碳的溶解度降低，釋放出大量的二氧化碳，這時便會造成溫泉水酸鹼度升高，碳酸離子濃度驟減，此時就會發生碳酸鈣沉澱，造成白色或灰色的管垢。若其成份中含有二氧化錳，則管垢呈赤褐色或黑褐色，如知本、金崙、東埔溫泉等。匈牙利上新世沉積盆地的熱水井在噴流六至八天之後，自井口以下五六十公尺深處的套管內部完全被碳酸鈣結垢所堵塞，嚴重時甚至堵到地下二百公尺深處。
◎鐵質
鐵質溫泉泉質中含有不溶解之微酸鐵離子，其沉澱造成赤褐色、黃褐色或黑褐色之管垢，如瑞穗及紅葉（花蓮）溫泉。其主要成份為氫氧化鐵（Fe(OH)3)，常出現在酸性溫泉的週圍或下游地區，這和溫泉水pH值改變以及水中亞鐵離子（Fe++）的氧化有關。pH值接近4-5的溫泉水中多少帶有鐵離子，通常水愈酸，亞鐵離子愈多。而當溫泉水長期曝露於空氣中之後，亞鐵離子逐沖氧化成為三價鐵離子（Fe3+），在pH值4-5以上就可能產生氫氧化鐵沉澱，這是一種橙色或赤紅與暗褐色的沉澱物。台灣北部金山青年活動中心有一口熱水井，熱水溫度攝氏75度，pH值為5.1，最初流出時為無色透明，但曝露在空氣中約一個星期之後，pH值升至
6.0，水變黃泥色，狀甚混濁，因水中已有Fe(OH)3沉澱。鐵質沉澱物堆積多了還可能形成褐鐵礦，台灣北部大屯火山群的大油坑地區原有個褐鐵礦床，當初就是由酸性熱水的鐵質沉澱逐漸堆積成的。另外大油坑下游流往金山的磺溪河床卵石表面被覆的一層赤色鐵質物也是來自溫泉區的酸水，在流動過程中亞鐵離子被逐漸氧化，並因下游溪水的混入導致pH值升高與氫氧化鐵沉澱。其實金瓜石附近陰陽海也有類似的形成原因。
◎硫化物
硫化物 含大量SO2和H2S蒸汽也可能形成天然硫黃的沉澱，其方程式如下：
2H2S + SO2 = 3S + 2H2O 台灣北部大屯火山群的小油坑和大油坑地區就有這種硫黃堆積在噴氣孔的四周，有此成長較慢的硫黃則成美麗的針狀結晶。大油坑是一個古老的硫黃礦區，那裏先前每個月可以從蒸汽中搜集到三十至四十五公噸的純淨天然硫黃。
◎二氧化矽
二氧化矽沉澱一般高溫（攝氏200度以上）熱水之所以容易產生二氧化矽沉澱，主要因為這一類熱水溶有大量SiO2，熱水上升至地表淺處時，由於壓力下降而大量汽化，導致殘餘熱水內的SiO2濃度大增，再因熱水溫度的大幅下降，使的熱水中的SiO2濃度遠超過石英或非晶質二氧化矽的溶解度，結果便在岩石裂隙內形成石英脈或在地表形成矽華。在一個地熱區若是出現了矽華，便可得知其地下的溫度可能在攝氏二百度以上。二氧化矽結垢曾在冰島的地熱田暖氣系統、熱交換器、及熱水輸送管內發現。其中Namafjall地區的暖氣系統是在1971年完成的，到了1974年，直徑200mm的熱水輸送管內已結了一層厚達15-30mm的疏鬆葉片狀SiO2結垢。Hveragerdi地區的熱水流動控制器與熱交換器的SiO2結垢生長十分快速，大約每隔
3-6個月就得清理一次，這是高溫熱水在溫度大幅下降後產生SiO2結垢的實例。一般在管垢生成前，可利用一些抑制方法，使形成管垢物質減至最少，剩下不能抑制的部分就得利用清除方式除法。清除管垢的方法有SC（Scale
Cleaning）工法、高壓洗淨法、鹽酸洗淨法等。