距今約百餘年前，安溪清水巌和尚供奉祖師佛像渡台，上陸淡水港，安奉於淡水東興街（現草東里中正路）濟生號鄉紳翁種玉之家，佛力靈顯。清水巌蓬萊老祖（另名落鼻祖）在清同治年間曾落鼻示警，保佑居民躲過地震的災難，從此聲名大噪。往後淡水地方每遭瘟疫、蟲、旱等災，禱之祖師，則見其效，祖師廟現在已是淡水大多數居民的信仰中心。而現今淡水清水巌祖師廟所在的位置原本供奉蕭府王爺，後來拆除並集結附近幾座小廟一併獻地而興建祖師廟，廟內供奉清水祖師、地藏王菩薩、保生大帝、蕭府王爺、西秦王爺、太歲星君和文昌帝君。祖師廟的基石是一塊大的火成岩，整座廟宇就順著這塊丘陵地而建，廟內入口的門後目前還保留著岩石突出的部分，用欄杆圍住。據廟方表示，當初建廟時有鑿石工人想要移走石頭，但是工人卻都相繼生病，因此將石塊保留至今。下次去拜訪祖師廟時，要眼尖一點，才不會錯過這塊大石喔！