1865年，英國長老教會隨著打狗開港傳入本地，從廈門來的英國醫生馬雅各(Dr. James Maxwell 1836∼1921)一行8人在5月28日登上旗後(打狗)，是英國長老教會在台灣宣教的紀念日。7月中旬，馬醫師在台南府城開業傳教失敗後，回到旗後租一棟三間店面的房子作為禮拜堂兼醫館，開始在打狗地區推動醫療傳教。1866年9月下旬，馬醫師創設一間可容納8名病患的醫館，這便是全台灣第一間西式醫院。當時就醫的病患不僅有旗後當地人，也有來自澎湖以及南台灣其他地方者。牧師們巡迴行醫傳道的足跡，逐漸擴及到屏東、台東、澎湖等地區。

        接著，旗後地區的洋商們共同籌措經費聘請醫師駐診，這些醫師的主要工作是診療外籍人士和預報氣象。其中，萬巴德(Dr.Patrick Manson，1844∼1922)醫師投入痲瘋病、瘧疾、象皮病的研究，成就顯著，被稱作「熱帶醫學之父」。其他醫師每天到醫館治療病患，不取報酬，由教會負擔助手與費用。1880年代，梅(W. W Mayers)醫師在旗後山腳下興建「慕德醫院」(David Manson Memorial Hospital)，並附設醫學課程，成為台灣最早的西式醫學校。

        日據台灣以後，外國洋商減少許多，醫院的經營逐漸困難，醫師人手也面臨短缺問題，因此到了1916年教士會議決定廢院，10年後將此「打狗醫院」賣掉，經費用來充實「台南醫院」。