|子實體形狀|菌傘特徵|蕈摺剖面
型態不同的真菌生存方法也不同。許多真菌必須和活的夥伴，例如一棵樹，建立互利的(稱作菌根)關係，而使雙方都得以存活。
有些所謂的腐生真菌可以分解死亡的物質，還有一些真菌會殺死植物或動物，這則稱為死體營養。又因為能夠分解死亡物質，或提供適當的生長條件給其他生物，真菌在環境的生態平衡上扮演非常重要的角色。
- 菌根(上圖毒蠅傘的寄主植物是雲杉）
菌根結合了樹木和真菌之間的緊密利益關係，在這當中，樹木給與真菌糖分，而真菌則提供水和養分。當真菌(如某些磨菇和大多數牛肝菌)的菌絲穿入某棵適合的活樹根時，菌根關係便形成了。
- 腐生菌(上圖為可食球果菌，以雲杉球果作為基質）
許多死亡的有機物質，包括真菌和動物，在腐生真菌分泌至外界的酵素作用下，得以分解。有些腐生真菌，如右圖中的可食球果菌，只可見於一種基質上，在此例為雲 杉球果；有些的範圍則較廣。甚至有些真菌在活的植物上並不活躍，它們等植物死了之後才開始活動。
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死體營養菌(上圖為異擔孔菌寄生在雲杉樹樁上)
依靠活體生存，最後則將之殺死。有些 藉由菌絲或特別產生的酵母狀細胞阻塞或破壞植物輸導 水分和養分的系統，以致寄主死亡；有些則利用毒素。 殺死植物之後，死體營養真菌會像腐生菌一樣，將植物分解作為基質。死體營養真菌包括木蹄層孔菌，以及蜜環菌屬真菌。
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活體營養菌(上圖雲杉散斑殼使雲杉的針葉產生黑色斑點)
和菌根菌 一樣，活體營養的真菌如銹菌和霉菌，必須依靠活的寄主。但是這種情況對寄主並沒有好處。真菌往往會產生特殊的菌絲，穿透寄主細胞，將養分送回給真菌。雖然植物沒有被殺死，但生理機能卻大受影醬。例如：其抱子會污染種子，並在幼苗中萌發。