季風雨林區

台灣位於季風氣候區，濕熱多雨的環境使恆春半島不同於地球上其他同緯度地區，同時具有熱帶、副熱帶及溫帶樹種。在東北季風的吹拂下，迎風坡的森林裡，樹木只有3~5公尺高，樹林間有小孔隙，森林層次只有樹冠層跟草本層，植物生長密集，但是種類少；背風坡的森林，樹木可以長到15~20公尺，種類多，以濃淡不同的綠樹排列連接成一條長青龍，森林層次比迎風坡複雜。野牡丹藤、水藤、幹花榕等皆為此區代表植物。

隆起珊瑚礁區

位於入口左側，以石灰岩構成的珊瑚礁，經地質抬升而露出水面形成的岩石。本區有兩種步道：

1.木製棧道，連接珊瑚礁間的景觀，高處設有觀景平臺，能夠更方便觀察探索砂灘、臨海珊瑚礁、海岸灌叢、隆起珊瑚礁地帶的植物及生態情形。

2. 石材步道:強調受珊瑚礁庇蔭下的森林環境展現植物社會的特色，沿著珊瑚礁岩到兩、三公尺高的內陸森林，植物種類的分佈與變化在步道間依序改變，夏季時花朵盛開，漫步於濃郁芬芳的花海，任何人都會陶醉其中。

生長於此的植物，大都為適應氣候而葉片細小，形成硬葉，且通常具有支援根、厚革質葉片或海漂果實以利生存與繁殖，代表植物為：止宮樹、大葉山欖等。台灣墾丁公園內第三區及社頂地區的珊瑚礁植物群面積最大。

藤蔓展示區

依附其他物體生長，有各種不同的攀附方式，例如：直接以莖盤繞的血藤、以捲鬚攀爬而上的菊花木、以鉤狀短之攀爬的藤相思、鴨腱藤羽狀複葉的先端小葉變成捲鬚纏繞，以莖及葉上的倒鉤狀刺攀爬的蓮實藤、雲實，只為吸收更充足的陽光、仰望更蔚藍的天空。

多肉植物區

位於特展室旁，生長於乾燥氣候區，以美國西部亞利桑那州的矽化木搭配美國原產的多肉植物─仙人掌科、龍舌蘭科，因氣候而演化出仙人掌球狀及柱狀的葉片、龍舌蘭植物的肉質葉片等特殊外貌，讓人大開眼界，充滿意想不到的驚喜。

參考資料：http://www.nmns.edu.tw/public/BotanicalGarden/guide/

國立自然科學博物館簡介