朱一貴事變告一段落之後，客莊代表集議，認為團結一致行動，仍有必要，於是將戰鬥時的六營改為六堆，各選出總理一人，副總理一至二人，另派正副旗手各一人，正副先鋒各一人，長幹（通信連絡員）一人，督糧一人，各等職位均有專責，六堆總理副總理再行集議，由學識、名望、財產、剛勇兼備者中，推選大總理一人，再由大總理提名經六堆總理會議後，推選副總理一至二人，指使一人，文案、督糧、長幹各若干人，以協助大總理。另各由各堆推派壯丁三百人，分為六旗（每旗五十人）六堆合共卅六旗一千八百人為常備兵員，其組織相當嚴密，也頗民主。各職未規定任期，多在有事之秋才改選，各堆除總副理之外，各莊還有「管事」之職，職務原係代收大租（一縣有數間大租權者包收大租）為其正式任務，但後來變為半自治首長了。
轉型為精神標竿、文化取向的社會文教團體
六堆並不是一個行政區，而是同一族系因語言、風俗、習慣的相同，兩百多年來，敦親睦族，福禍相共，團結合作，自治自衛的組織，也是高屏六堆客家人精神上認同的指標（組織）、凝聚向心的精神象徵，以西勢「忠義祠」為中心殿堂，時至今日這組織已改為財團法人的組織。六堆忠義祠後面興建「六堆客家文物館」，以展示客家文化，並緬懷先賢先烈忠義精神，記取愛家愛國的血淚史，以傳承後代並發揚光大。