1.天然危機：因土質的變化、颱風、溫度變化等因素而使生物死亡。颱風所帶來的大量的雨量使挖仔尾地區中低潮帶帶，堆積了大量的泥沙，棲息在中低潮間帶的生物大量的死亡，如文蛤幾乎不見，其它如赤嘴仔也大量的減少。

2. 海濱到處都是人類所製造的垃圾，由淡水河上游或海面漂來的保利龍塑膠瓶等。尤其是紅樹林內高潮線附近都是保利龍，嚴重影響生物的生長與繁殖。

3.現在較有規劃與管理每逢假日總是見到很多家長帶孩子來抓螃蟹，就連舉辦親子生態活動時都經常看到有人摘些植物或者抓些螃蟹回家，雖然這好像是小事，但是每個遊客抓幾隻這裡的生態環境就會漸漸被破壞，看起來可愛的濱刺麥種子，被遊客大把大把的帶回家，請問這樣要怎麼擴張他們的植群範圍呢？很多事情看起來是小事，但是其實小事累積起來的結果就成了另一場生態浩劫了。希望您來到挖仔尾旅遊時，除了美麗的相片跟快樂的回憶之外什麼都不要帶走，保留下這個小小的動物樂園吧！