主祀玉皇大帝
主祀
玉皇大帝
玉皇大帝
主祀神明－玉皇大帝：俗稱天公、玉帝，神格至尊，乃是至清三元宮第一中位，統率眾天神，是至高無上之神。鹿港人於農曆正月初九有拜天公的傳統習俗，為過年時後最莊嚴神聖的祭典，家家戶戶除在家中拜天公外，初九當天仍會攜家帶眷來到天后宮及鹿港其餘閤港廟拜拜，為鹿港年節時的一大盛事。
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配祀
觀音菩薩
觀音菩薩
觀音菩薩又稱為觀世音菩薩、觀音大士、觀音媽，在信徒心中以大慈大悲著稱，其培祀神有護衛寺院的伽藍神，及佛教四大天王下三十二將軍之一，手持金鋼，護佛法的寺駝，又稱韋駝天。
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神農大帝
神農大帝
五穀大帝又稱神農大帝、藥王大帝。民國53年屏東新埤鄉五穀大帝廟浴前往天后宮進香，向天后宮主事黃秋借家中所供奉五穀大帝神像，日後廟方另塑一尊五穀大帝神像。
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女媧娘娘
女媧娘娘又稱地母，上古時代的女帝，就是媧皇。她的創作有笙簧，又制定嫁娶的禮儀，規定同姓氏不宜相婚配。
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水僊尊王
後殿虎邊神中供奉水仙尊王，在民間信仰中為掌管水運之神。每年端午節前鹿港有迎龍王的儀式，龍王及龍舟隊伍自龍山寺出發，到天后宮迎接水仙尊王，再至龍舟比賽的現場舉行祭典儀式，以求順利平安。
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