清初，《使琉球記》曾記載：天妃為父投海身亡。本縣志亦詳述其事：媽祖於十六歲那年，其父兄駕船行駛到閩江口海域，驟遇風暴巨浪濤天，船毀人溺。媽祖毅然入海營救父兄，因浪濤洶湧不幸罹難，遺體雙雙漂流至馬祖澳口，村民將媽祖厚葬於天后宮靈穴現址，湄州嶼鄉親得知事故，將媽祖遺體迎回，徒留衣冠塚於此，千餘年來靈穴墓石皆未移動。         相傳：先民討海捕魚，遇暴風雨前夕或迷航時，岸邊乍現一團火球，引導漁船歸返避風險，据聞這團紅火是由媽祖靈穴發出，於是先民稱為「媽祖火」或「媽祖燈」。

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