據現有文獻推論；遲至清代嘉慶年間，海盜蔡牽曾盤據南竿島，於津沙、鐵板和馬祖澳大興土木建造天后宮
清光緒二十年，英國海軍海圖官局，將馬港天后宮測繪在南竿的地圖上，那時稱南竿為「馬祖」島
民國三十二年抗戰後期，張逸舟與林震合謀併吞林義和勢力後，張逸舟為安撫民心，在此重修天后宮，並留下「重脩馬祖島天后宮記」的碑文
爾後，天后宮約每隔二十年就翻修一次；民國五十二年，馬防部司令官彭啟超派遣兵工協建天后宮
民國九十年，鄉議就地重建天后宮，當時政府挹注補助款陸佰餘萬元，其餘由鄉民募得貳仟餘萬元，同年擇吉時動工，基礎工程由駿富工程承標，至於建築體工程，則由籌委會主委曾林官先生受媽祖神諭，遠赴莆田期遇游良照藝師，委以規畫重任，並由仙遊龍威工藝有限公司承造；次年，游良照等一行十七人，透過小三通管道入境，經過八十二天施工，得媽祖垂佑提前竣工

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