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 有關台灣特有種的種數統計雖不少，
但其生態調查或保育評估文獻則相當缺乏
 以文獻來核對組成物種之鑑定仍然有諸多爭議，種的求證必須仰賴政府機關的預算
 有些地區的植物相資訊仍不完善；植物種的實際分布並沒有完全研究清楚。
 基於經濟效益、改良品種、賞玩價值、國人喜好奇異品種等各個因素，政府與民間常試圖引進各種外來種，以滿足市場需求。卻在毫無預警的情況下使外來種動植物在台灣馴化繁衍，若習性與原生種相近，就會競爭食物與棲地等資源，影響原生種的生態區位或造成原生種滅絕。
這類的例子極多，如：引入台灣的象草與五節芒；蘭嶼引入木麻黃對許多原生種植物的威脅，還有目前的綠癌--小花蔓澤蘭，已經造成明顯可見的經濟損失，並且危害本土生物多樣性，但是這些危害生物的監測、研究和防治卻沒有專責機構負責。
 外來種親源與本地原生種相近，將使自然雜交率提高，改變原生種的基因組成，降低基因多樣性，造成生態失衡。
 工業化的農業和林業
現代化的農業通常只培養產量高的種類，使作物的多樣性減少
 人類對自然資源森林過度利用。導致不少物種因此而滅絕。
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