英國宣教師馬雅各醫師開始在台南（看西街亭仔腳）設醫館及禮拜堂，進行醫療傳道事工。1900於東門路現在地點興建立新樓醫館樓房，取名「新樓醫院」。馬雅各二世及其夫人接續馬雅各醫師遺志並成立助產士及看護婦訓練所，為台灣醫界開設第一所護理學校。
1922成立鴉片煙戒絕所、癩病治療所。1928成立肺結核病房，開啟臺人肺結核防治之先河。1936由台灣人自宣教師手中承接新樓醫館醫療傳道事工，馬雅各醫師的醫術高明，充滿愛心，他和當時信徒吳文水、高長在許厝醫治了不少腐膚、臭腳、爛手、腸病的人，並且將「要移舖的人」（臨死的病人）也給救活了；他的名聲遠播，求醫者日眾，台灣人接納西方醫療的觀念，日漸深固