馬偕牧師並非專業醫生，但他「以醫病來開闢通至傳道的大門」，1872年6月1日，馬偕即為人診療，以自己住處允充診所，他免費提供金鶪納霜給瘧疾患者服用，不少人看見裝「馬偕白藥水」的玻璃瓶子很好看，裝病向他需索，而後將藥水倒掉，收藏玻璃瓶玩賞，當時台灣尚不容易獲得此精細玻璃製品。
1873年5月5月日，他為能接納更多病人，在滬尾（今淡水）租屋，正式作為「滬尾醫館」。他先邀「五行醫師」前來協助，再敦請另一位洋行醫師林格也前來幫助，他曾解剖一位葡萄牙人的屍體，發現了世界第一例活在人體內的「肺蛭蟲」，滬尾醫館的這項發現，曾受國際矚目。到1875年，加拿大教會派了另一位宣教士兼醫師華雅各(J.B. Fraser)加入醫療行列。馬偕在台的義行，為一位美國底特律婦人知悉，她為紀念去世的丈夫馬偕船長，捐贈了美金三千元給遠在東方島嶼從事慈善醫療的同名馬偕宣教師，建造一所北部教會最早的新式醫院「浘尾偕醫館」，新建醫館於1879年9月14日開幕。偕醫館曾在清法戰爭期間，協助醫治傷兵，獲清政府嘉獎；日治後，更於一九00年三月二十五日取得日本殖民政府正式許可。
馬偕奉獻台灣，「寧為燒盡，不願鏽壞」的薪火精神，永遠長存。