台北縣志開闢誌戀戀蘭洲情一書南港之含義為低濕之地，基隆河以南稱之南港。彰化縣誌說：凡有市肆者，皆曰街，闤闠囂塵，居處叢雜，人煙稠密，屋宇縱橫。街旁衚術衕曰巷。郊野之民，群居萃處者，曰村莊，叉口草地。番民所居曰社。明末，沿淡水江岸居住的凱達格蘭族，大概有二十多個番社，其群居的中心地帶就是現在約台北市。凱達格蘭族平埔人是台北平原上有文字紀錄的最早居民。狩獵是他們主要的生產方式。平埔番為居處於平地者，而漢化較深的番民謂之「熟番」。摘自陳漢光、尹章義四百多年前據平埔族的口碑說：吾族原住隔海的島嶼Sanasay由基隆分二路，一路沿海岸到金包里建今金包里社，「另一路沿基隆河進入台北，先後建設峰仔峙社(今汐止鎮對岸長厝庄)、麻里即吼(今南港附近)、里族社、塔塔悠社(今松山錫口)、大浪泵社。」當時南港地區已有番人居住，據淡水廳誌記載：石頭溪自清乾隆二十四年大水沖壓，今為旱溪。一曰北溪，其源出三貂山芋仔潭過鯽魚坑出石碇，北東會獅毯嶺西流，西北至峰仔峙，又西北至南港仔，北會北連港，過錫口至劍潭，北過芝蘭會雙溪。又城北兼大加吶堡一十六庄叉城北兼大加蚋堡一十六庄:艋舺下崁座(距離百十里)‥‥錫口街(百二十二里)‥‥南港仔街(百三十里)塔塔悠庄(百二十五里)。乾隆41年4月土目高力給吳清的墾照載:立給墾水耕字里旅社土目商力，緣承祖遺下有新莊仔埤頂地址一槐，士老前山……(尹章義，台灣開發史研究)(陳培桂)清嘉皮同治年間據「淡水廳誌」引道光二十一年(公元一八四一年)戶口清冊所說，時南港地區屬大加蚋堡，可見"南港口"之石。名山藏一書記戴光緒12至18年淡水縣簡明總括圖冊(淡水縣大加鈉堡庄界圖)出現南港地區(南港仔庄、大湖庄、山童埔庄、新庄仔庄、后山坡庄)，光緒13年之淡水縣圖出現"南港口"。見台北市志卷首。噶瑪蘭獻志記載道光年間，楊廷理的「丁卯九日錫口道中」一詩中提及艋舺錫口至蛤仔難雞，中歷蛇仔形，三貂，隆隆三大嶺，過谿三十六里，危險異常，生番出沒，人多長之)。詩中所提蛇仔形即是中研院大門口的那座山脈，也就是淡蘭古道，隆隆古道的必經之處。而在蛇仔形山脈中也有一座番仔山，由此可知，南港在清代早已有原住民的蹤跡了。(陳漢光)咸豐，光緒年間亦屬大加蚋堡。可由本人所有之光緒十四年(公元一八八八年)台灣市政使司之丈單「‥‥‥‥業主鄭水旺等座落大加蚋堡
(里)新庄仔灣‥‥‥‥。」得知。
民前十一年隸屬錫口支應之大加蚋堡，屬於今南港區計有八大庄，南港三重埔庄、東新庄仔庄、後山坡庄、後山庄、四分仔庄、南港舊庄、南港大坑庄、山豬窟庄。民國九年改隸台北川七星郡內湖庄，光復以後民國三十四年十二月改隸台北縣七星區內湖鄉，民國三十五年七月六日由闕山坑先生等申請由內湖鄉分出成立南港鎮，一直到民國五十六年台北市改制的次年才改為台北市南港區。